教你如何上传蛋白质组学原始数据
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发布时间：2024-12-17 04:19
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ProteomeXchange（PX）是一个广泛使用的蛋白质组学质谱数据存储平台，包含PRIDE Archive、MassIVE、PeptideAtlas、jPOST等。接下来，我们将介绍如何将质谱原始数据上传至PX。
1. 通过ProteomeXchange官网下载并安装PX Submission tool。这个工具基于Java开发，确保您的计算机已安装Java。下载后解压并双击px-submission-tool-2.4.13.jar文件启动工具。工具的详细操作步骤可参考其官方说明。
2. 首先注册并登录账号。若无账号，前往ProteomeXchange数据库官网注册，登录后使用该工具。
3. 登录后，选择上传模式，一般选择Partial Submission。点击NEXT，确认选择“是”。界面将显示上传所需的信息，这仅作为准备数据的提醒，点击NEXT继续。
4. 填写蛋白组数据的基本信息，包括文章标题、关键词、项目描述、样品准备方法、数据处理方法和质谱实验类型。可将文章标题、关键词、摘要和材料与方法填写即可，注意控制字数。
5. 选择上传文件类型，包括search文件和原始数据raw文件。
6. 使用Add Files功能上传本地文件。
7. 加载所有文件后，系统进行校验，等待完成。
8. 添加search文件与raw文件之间的关联，点击Relation，勾选添加，确保与所有raw文件连接。
9. 填写样品和仪器信息，如物种、组织类型、所用质谱仪型号。若列表中无对应选项，选择Others，通过TermName搜索并选择后使用。
10. 填入负责人姓名、邮箱和单位地址。跳过大项目信息，若数据不属于某个大项目。
11. 确认信息，勾选license，提交。系统将自动显示上传信息，方便修改和追踪。
数据上传完成后，等待审核，审核通过后会收到邮件通知。注意，数据公开需在文章被接收后或收到官网指示。若遇到需要修改原始数据集的情况，仅添加少量额外文件时，无需重新提交整个数据集；若使用PX提交工具且需添加额外RAW和SEARCH文件，则需重新提交。
数据集公开发布后，可在ProteomeCentral上找到。
若需通知数据集已包含在出版物中，可通过ProteomeXchange官网或联系pride-support@ebi.ac.uk。数据集公开发布的例外情况需在特殊情况下申请，最长延期6个月，并需向ProteomeXchange提出正式请求，证明请求的合理性。
