中科院一区无预警!16S rRNA肠道菌群分析思路(一)
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发布时间：2024-10-24 08:50
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时间：2024-11-07 07:40
本文聚焦于肠道菌群测序方法，特别是通过 16S rRNA 进行测序分析。选取了四篇一区无预警的文献作为案例，通过这四篇文献，我们探讨了肠道菌群分析的思路与方法。分析方法包括主坐标分析（PCoA）、非度量多维尺度分析（NMDS）、物种丰度分析以及线性判别分析（LEfSe）。
以第一篇文献为例，研究栀子多糖通过减轻肠道菌群失调和抑制TLR4 / NF - κ B信号通路改善胆汁淤积性肝损伤。分析方法显示，与空白组相比，干预组微生物组成发生了显著变化。在门水平上，某些菌群如变形菌门和疣微菌门的丰度增加，而拟杆菌门和厚壁菌门的丰度减少。在科水平上，肠杆菌科和拟杆菌目、毛螺菌科的丰度变化也得到了揭示。此外，LEfSe 分析显示，肠杆菌科、肠球菌科、肠杆菌目、变形菌门和γ - 变形菌门的丰度在干预组中增加，而使用 GPS 给药能够显著阻止这些肠道菌群变化，同时增加胆汁淤积小鼠中特定菌群的丰度。
进一步的分析发现，属水平肠道菌群与胆汁淤积的血清生化指标之间存在相关性，其中 Bacteroidales _ S24-7 _ group 与某些肝胆汁酸呈负相关，而肠杆菌科和肠球菌属则呈正相关。这些发现表明，肠道菌群的变化可能影响胆汁淤积的进程。
此外，研究还揭示了肠道形态学和紧密连接蛋白水平的变化。ANIT + Vehicle 组胆汁淤积小鼠的回肠上皮形态学异常，但 GPS 给药逆转了这些变化。同时，GPS 给药显著降低了 ANIT 诱导的肠道菌群变化，增加了胆汁淤积小鼠中特定菌群的丰度，如 Bacteroides 属、Gastranaerophilales 属和毛螺菌科。
综合分析表明，肠道菌群的改变可能通过影响肝胆汁酸代谢、肝细胞坏死、炎症反应等途径，参与胆汁淤积性肝损伤的过程。通过调整肠道菌群，尤其是通过益生元、益生菌或粪便微生物移植（FMT）等方法，可以改善胆汁淤积小鼠的肝损伤状况。
这些研究结果为肠道菌群与胆汁淤积性肝损伤之间的关系提供了深入的见解，为开发针对肠道菌群调节的治疗策略提供了理论依据。
